Aguilar ya estaba poblada en tiempos de los Romanos y Visigodos. Hasta la época de la reconquista no tuvo mucha importancia, pero fue a partir de aquí cuando la adquirió debido a su esclave estratégico y su plaza era muy codiciada por los árabes. En el siglo XVII la riqueza de Aguilar se basaba en la agricultura y en la industria harinera, el pueblo desponía entonces de siete molinos. Ya en el siglo XIX la villa también sufre las consecuencias de la invasión francesa, sobre todo el monasterio de Santa Clara que fue quemado por completo. En los años 50 y 60 se construye el embalse sepultando a numerosos pueblos de la ribera del Pisuerga.

En el siglo XII el castillo ya existía aunque sufrió reformas en el XIV. A partir del año 1255 Alfonso X la declara villa realenga y en el siglo XIII posee numerosos territorios. En 1519 se marchan de Aguilar algunas personas a Sevilla a la expedición de Magallanes.

En el siglo XVII la riqueza de Aguilar se basaba en la agricultura y en la industria harinera, el pueblo desponía entonces de siete molinos. Ya en el siglo XIX la villa también sufre las consecuencias de la invasión francesa, sobre todo el monasterio de Santa Clara que fue quemado por completo. En los años 50 y 60 se construye el embalse sepultando a numerosos pueblos de la ribera del Pisuerga.